Sistem tata pamong Fakultas Ekonomi Prodi Manajemen berjalan secara efektif melalui mekanisme dan dapat memelihara serta mengakomodasi semua unsur, fungsi, dan peran dalam berorganisasi di Prodi Manajemen. Tata pamong didukung oleh budaya organisasi yang dicerminkan dari adanya keadilan dan tegaknya aturan. Aturan- aturan tersebut tercantum dalam Buku Pedoman Akademik, di antaranya pedoman kode etik dosen dan tenaga kependidikan, kode etik mahasiswa dan prosedur pelayanan. Selain itu juga mengacu pada aturan-aturan diantaranya pada Statuta Universitas Islam Balitar, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Balitar. Sistem tata pamong, yang menyangkut input, proses, output dan outcome serta lingkungan eksternal yang menjamin terlaksananya tata pamong yang baik, diformulasikan, disosialisasikan, dilaksanakan, dipantau, dan dievaluasi dengan peraturan dan prosedur yang jelas.